Gapinge kent zeer waarschijnlijk rond het jaar 1000 al bewoning, maar daar zijn geen actuele bewijzen van.
In de 11e en 13e eeuw groeit de bevolking op Walcheren en worden veel van de huidige dorpen, waaronder ook Gapinge, gesticht. De vliedbergen, waarvan Gapinge er nu nog drie heeft, dateren uit die periode.
In 1216 krijgt de kerkelijke gemeente van Gapinge pauselijke erkenning. Eerst heeft het dorp een houten kerk. Rond 1450 wordt de huidige stenen kerk met toren gebouwd. Later wordt de kerk verlengd, wat nog goed te zien is aan de zijmuren en het dak.
In de 15e en 16e eeuw groeit de welvaart door handel en visserij op het -toenmalige eiland- Walcheren. In deze periode regeren de Heren van Borssele. Walcheren is de motor van de Hollandse welvaart. Gapinge is in al die jaren een klein agrarisch dorp, gelegen aan een doorgangsweg naar Veere, dat meeprofiteert van de stijgende welvaart. Gelukkig blijft Gapinge gedurende de diverse (godsdienst)oorlogen gespaard.
Van 1840 tot 1859 heeft Gapinge een eigen burgerlijk bestuur. In 1857 wordt Gapinge onderdeel van de gemeente Vrouwenpolder.
In 1966 gaat de gemeente Vrouwenpolder op in de gemeente Veere. Bij de gemeentelijke herindeling in 1997 vormen de gemeenten Veere, Mariekerke, Valkenisse, Domburg en Westkapelle de nieuwe gemeente Veere.
In 2016 vierde de Gapingse bevolking hun 800-jarig bestaan.
Gapinge is weliswaar een klein dorp, echter het grondoppervlak is aanzienlijk. Een rondwandeling langs de huidige dorpsgrenzen van Gapinge is een flinke wandeling van zo'n 13 kilometer.
